En 1937 y con el Ejército Nacional haciéndose con el control total de Bizkaia, el Gobierno Vasco al servicio de la II República, ordena el derribo de todos los puentes de la Ría del Nervión, entre ellos el Puente Bizkaia, con el fin de parar a los sublevados. El 17 de Junio, una explosión, provoca la destrucción del travesaño.

 

Días después y tras la caída del Cinturón de Hierro de Bilbao (defensa republicana) y la victoria del bando nacional, las nuevas autoridades franquistas se hacen cargo de la gestión del puente y ordenan su reconstrucción.

 

En 1939, comienzan las obras de reconstrucción bajo la batuta de Juan José Aracil y Luis Ribed. La nueva obra introduce mejoras en el sistema de suspensión y en las vigas. Finalmente, el 19 de Junio de 1941, dos años después del inicio de las obras, se reinaugura el Puente Bizkaia.